In januari 1998 werd hij in Spanje gearresteerd, nadat de Amsterdamse politie een internationaal opsporingsbevel tegen hem had uitgevaardigd. Op 18 mei 1999 werd R. door Spanje aan Nederland uitgeleverd. Een week eerder had hij het verzet tegen zijn uitlevering gestaakt. In Nederland moest hij terecht staan voor deelname aan een criminele organisatie en een drugstransport naar Engeland.
Op 8 juni 1998 begon in Amsterdam het proces tegen enkele medeverdachten van R. Volgens officier van justitie Fred Teeven was het onderzoek tegen R. een ‘schoolvoorbeeld van hoe criminele organisaties soms met elkaar verweven zijn’. Tijdens het onderzoek naar de bende van Cor van Hout stuitte de politie op een drugstransport naar Engeland. Uit verder onderzoek kwam naar voren dat de organisatie van R. vermoedelijk achter dat transport zat.
Op 12 juni 1998 eiste officier van justitie Teeven voor de rechtbank in Amsterdam celstraffen tot 12 jaar tegen 11 medeverdachten van R.
Op 1 december 1999 werd het voorarrest van Henk R. niet verlengd, omdat de Amsterdamse rechtbank verwachtte dat zijn straf lager zou uitvallen dan de totale tijd dat R. al in voorarrest zat. Op 7 februari 2000 werd R., overeenkomstig de eis, vrijgesproken van deelname aan deelname aan een criminele organisatie. Op 10 februari werd er 5 jaar geëist tegen hem in verband met het drugstransport naar Engeland en op donderdag 24 februari 2000 werd hij voor dat transport veroordeeld tot 3.5 jaar cel. Henk R. ging in beroep tegen deze veroordeling. Op 1 december 2000 werd hij opnieuw gearresteerd omdat hij na zijn vrijlating in december 1999 zich opnieuw zou hebben beziggehouden met drugshandel. Op 3 april 2003 werd hij gearresteerd en op 22 juli veroordeeld tot 1 jaar cel. R. werd op 12 november 2003 gearresteerd in Malaga, Spanje. In maart 2003 zou hij zaken hebben gedaan met een undercover DEA-agent. In april 2004 werd bekend dat Nederland om zijn uitlevering zou gaan vragen bij Spanje. Uiteindelijk zag Nederland daar toch vanaf. R. eiste vervolgens in een kort geding dat hij alsnog uitgeleverd zou worden aan Nederland en niet aan de USA. Op 11 augustus 2004 besliste de rechtbank in Den Haag dat Nederland niet bij Spanje om zijn uitlevering hoeft te vragen. Als R. toch aan Nederland zou zijn uitgeleverd en daarna pas aan de USA, dan zou hem dat een veel kortere celstraf hebben opgeleverd.